货物运输合同应按照合同中的运输费用万分之五计算印花税。货物运输合同印花税的申报为，纳税人在指定地点购买印花税票后，可以直接贴在货物运输合同上，视为纳税完成。货物运输合同的纳税人为直接办理承托运费结算的双方。
一、货物运输合同怎样计算印花税
货物运输合同应按照合同中的运输费用万分之五计算印花税。
按照《中华人民共和国印花税暂行条例》等相关规定，立合同人按运输合同的运输费用万分之五纳税。立合同人按运输费用万分之五贴花，单据作为合同使用的，按合同贴花。按照《中华人民共和国印花税暂行条例》（国务院令第11号）附件《印花税税目税率表》规定：包括民用航空、铁路运输、海上运输、内河运输、公路运输和联运合同。印花税是对经济活动和经济交往中书立、领受具有法律效力的凭证的行为所征收的一种税。因采用在应税凭证上粘贴印花税票作为完税的标志而得名。印花税的纳税人包括在中国境内书立、领受规定的经济凭证的企业、行政单位、事业单位、军事单位、社会团体、其他单位、个体工商户和其他个人。
二、货物运输合同印花税怎么申报
货物运输合同印花税的申报：在税务或者印花税代购点购买印花税票直接贴在货物运输合同上。
1.货物运输合同是按运费发票（铁路、公路、水路运输发票，不包括出租车发票）金额来计算，即使没有合同，有运费发票（包括国际货运发票）也要缴纳印花税，而且按发票全额计算印花税，不扣除进项税部分。但是运费发票中记载的装卸费保险费等可以在计算印花税时扣除。
2.货物运输合同包括民用航空运输、铁路运输、海上运输、内河运输、公路运输和联运合同，按运输费用0.5‰贴花。
三、哪些运输合同需要缴纳印花税
直接办理承托运费结算的双方均为运输合同中需要缴纳印花税的纳税人。
根据国家税务总局《关于货运凭证征收印花税几个具体问题的通知》和国家税务总局《关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》的有关规定，在货运业务中，凡直接办理承托运费结算的双方，均为货运凭证印花税的纳税人。
印花税的纳税人包括立合同人，即立合同的双方当事人。友情提醒你，对于运输合同，承运人和托运人都应缴纳印花税，运输合同的印花税率为万分之五。